1801년의 신유박해 순교자 권철신(權哲身, 암브로시오)은 그의 형이고, 1801년의 순교 복자 권상문(權相問, 세바스티아노)은 그의 아들, 1819년의 순교 복자 권천례(權千禮, 데레사)는 그의 딸입니다.

프란치스코 하비에르는 일찍부터 집안의 전통을 이어받아 학문을 닦았으며, 장성한 뒤에는 당대의 유명한 학자 안정복의 딸을 아내로 맞이하여 가정을 이루었습니다.

그는 광암 이벽과 교류하면서 본격적으로 천주 교리에 관심을 기울이게 되었고 1784년 그는 서울 수표교 인근에 있던 이벽의 집에서 이승훈(베드로)에게서 프란치스코 하비에르라는 세례명으로 세례를 받았는데, 이것이 조선에서 이루어진 최초의 세례식이었습니다.

프란치스코 하비에르는 이때부터 천주교 전파에 열중하여 자신의 가족들은 물론 경기도⋅충청도⋅전라도의 친척과 지인들에게 널리 교리를 전하였습니다. 또 명례방(明禮坊) 김범우(토마스)의 집에서 열리던 집회에도 참여하였습니다.

1786년 평신도 지도자들과 함께 가성직제도(假聖職制度)를 수립하였고, 그 자신이 신부들 가운데 한 명으로 임명되어 약 1년 동안 활동하였습니다. 그러다가 북경의 구베아 주교에게 가성직제도의 잘못을 지적받고 이와 관련된 활동이 모두 중지되자, 그는 동료들과 함께 북경 교회로 밀사를 파견하고 선교사를 영입하는 데 노력하였습니다.

1791년에는 전라도 진산에 살던 윤지충(바오로)이 제사를 폐지했다는 이유로 체포되어 전주에서 군문효수형으로 순교하고, 이어 신해박해가 발생하였습니다. 프란치스코 하비에르도 박해 직후인 1791년 11월 28일(음력 11월 3일) 천주교의 교주(敎主)로 고발되었습니다.

조정의 명으로 체포된 권일신 프란치스코 하비에르는 서울 형조로 압송되었으며, 12월 3일(음력 11월 8일)에는 그곳에서 일곱 차례에 걸쳐 문초와 형벌을 받아야만 하였습니다. 그럼에도 그는 여섯 번째 진술에서 “천주교에서의 가르침이 도리에서 벗어나는 사악한 가르침이 아닌 이상 어찌 예수 그리스도를 사악하다고 배척해 말할 수 있겠습니까?”라고 대답하면서 굳게 신앙을 증거하였다. 그런 다음 제주도 위리안치(圍籬安置)의 판결을 받고 전옥서(典獄署)에 수감되었습니다.

이후에도 형조에서는 갖가지로 프란치스코 하비에르를 유혹했지만, 그는 결코 여기에 넘어가지 않았고 그토록 보고싶었던 노모를 만나지 못한 채 형벌 과정에서 얻은 장독으로 인해 순교하였습니다.